Gensokyô.
Un lieu séparé du monde extérieur,
où les humains et les yôkai vivent côte à côte.

Un jour, la prêtresse du sanctuaire Hakurei, Reimu Hakurei,
découvre de mystérieuses colonnes dressées à divers endroits
de Gensokyô.

Ces colonnes marquent le début de la Fête des sortilèges,
un festival organisé par Yukari Yakumo lors duquel
les participants s'affrontent en mettant leurs cartes magiques en jeu.

Souhaitant enquêter sur les véritables intentions de Yukari Yakumo,
qui a lancé la Fête des sortilèges si soudainement,
Reimu Hakurei se joint au combat pour les cartes magiques.